RESUMO

Ao passo que o número de novos genomas bacterianos sequenciados vem crescendo exponencialmente, enquanto as suas caracterizações crescem em um ritmo bem menos acelerado, torna-se indispensável o papel dos métodos computacionais em anotação de genes para minimizar essa defasagem. Poucas ferramentas estão disponíveis para análise automática online, tornando necessário a instalação da aplicação na máquina local. Com o intuito de dispor uma nova ferramenta, adaptada às tecnologias de serviço Web, foram implementadas adequações na ferramenta Hybrid Gene Finder (HGF), que utiliza uma Rede Neuronal Artificial (ANN), ao ambiente web. A implementação foi realizada com o sistema gerenciador de banco de dados MySQL™, o servidor HTTP Apache, a linguagem interpretada PHP, junto com a linguagem de marcação HTML e a linguagem de script JavaScript®. Para a adequação do script desenvolvido na linguagem MATLAB® a um servidor sem o software do ambiente MATLAB foi aplicado o Matlab Compiler Runtime (MCR), fornecido pelo MATLAB Compiler™, conjunto de bibliotecas que permitem compilar o script MATLAB para classes Java™. Também foram desenvolvidos scripts para controle de arquivos e paralelização da aplicação na linguagem Shell script. E por último foi incluído o script do Google Analytics, do qual desenvolve um trabalho de SEO (Search Engine Optimization), publicando estatísticas das visitas no site. A adaptação dos scripts MATLAB às tecnologias de serviço baseado na Web foram bem sucedidas, diferenciando-se das principais ferramentas de anotação, que exigem o download e instalação. O acesso está disponível através de qualquer navegador pelo web site do projeto (http://www.bioinfo.ufpr.br/hgf), permitindo aos usuários a entrada de dados de sequências de DNA no formato FASTA e a saída pré-anotada no formato GBK (GenBank). A forma como está sendo desenvolvido sobre um conceito de sistema hierárquico, abstrai a necessidade do usuário combinar ferramentas e analisar dados. Como trabalhos futuros precisa ser repensado maneiras de se extrair a paralelização do script, para otimização de seu custo. Em termos de acessibilidade, a adaptação da interface para permitir acesso por aparelhos móveis, assim como um sistema gerenciador de usuários.

Palavras-chave: Hybrid Gene Finder, Ferramenta de Anotação Automática, Bioinformática