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Título
UMA NOVA ESTRATÉGIA PARA INFERÊNCIA DE ESTRUTURAS SECUNDÁRIAS DE SEQUÊNCIAS DE RNA RIBOSSOMAL

Aluno: Leticia Mara Marca - PIBIC/UFPR-TN - Curso de Ciências Biológicas (M) - Orientador: Marcos Soares Barbeitos - Departamento de Zoologia - Área de conhecimento: 20400004 - Palavras-chave: sistemática; cnidários; genes ribossomais.

Genes que codificam RNA ribossomais (rRNA) estão entre os primeiros marcadores utilizados em sistemática molecular. Mesmo com o custo decrescente de métodos filogenômicos, continuam sendo frequentemente utilizados, não só pela facilidade de sua obtenção, mas também porque permitem ao pesquisador capitalizar na imensa quantidade de informação já disponível em bancos de dados on line, tais como GeneBank. Uma vez sintetizada, a fita única da molécula de RNA codificada pelos genes ribossomais dobra-se sobre si mesma ao estabelecer pareamentos Watson-Crick entre suas bases nitrogenadas. A configuração da molécula após o estabelecimento destes pareamentos chama-se estrutura secundária (ES). A determinação de ES é crucial para o entendimento da evolução molecular de genes ribossomais e também pode ser usada para melhorar a resolução de reconstruções filogenéticas baseadas nesses genes. Esta estrutura mantém-se face à introdução de mutações, desde que estas sejam compensatórias. Portanto, ES pode ser utilizadas na determinação de homologia posicional em alinhamentos de rRNA e vários estudos tem demonstrado uma melhora concomitante na qualidade da inferência filogenética que utiliza tais alinhamentos, se comparadas àquelas baseadas em alinhamentos produzidos por programas que não levam ES em consideração. Entretanto, a conservação da própria estrutura secundária diminui com o aumento da distância filogenética entre os táxons amostrados. Se não é possível estabelecer homologia entre a conformação de duas estruturas, logicamente não é possível determinar homologia posicional entre os nucleotídeos subjacentes. Nessas situações, pode-se adotar a abordagem de supermatriz, i.e. tratar regiões não homólogas como marcadores individuais, codificando como ausentes as posições de sequências que não compartilham a mesma estrutura secundária. O processo de montagem de tais alinhamentos foi automatizado por uma interface escrita em Perl que tem como backend um banco de dados implementado em MySQL. Alinhamentos para o gene 16S de cnidários são utilizados para exemplificar esta estratégia.