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Título
AVALIAÇÃO DA ANCESTRALIDADE DE AMOSTRAS DE POPULAÇÕES BRASILEIRAS E DE PACIENTES DE PÊNFIGO

Aluno: Maria Carolina Michalak - PIBIC/Fundação Araucária - Curso de Ciências Biológicas (M) - Orientador: Maria Luiza Petzl-Erler - Departamento de Genética - Área de conhecimento: 20205007 - Palavras-chave: marcadores; indel; otimização.

Estudos genéticos de associação caso-controle podem apresentar resultados espúrios quando a ancestralidade da amostra populacional avaliada não é controlada adequadamente. Há polimorfismos que apresentam frequências diferentes entre populações distintas, o que se torna uma variável a mais a ser considerada quando as amostras provêm de populações de miscigenação recente e apresentam estratificação, como a brasileira, Nesses casos indica-se a utilização de métodos de inferência de ancestralidade dos indivíduos que compõem a amostra. Os objetivos deste estudo foram avaliar a adequação de oligonucletídeos iniciadores marcados com fluoróforos de fabricantes diferentes, quanto à eficiência de amplificação de fragmentos de DNA, quanto à eficácia das marcações, para o estabelecimento de um protocolo padrão ótimo. Foi utilizado um painel de 48 marcadores de ancestralidade informativos (AIMs) do tipo indel (inserção-deleção) em um experimento piloto com amostra de sete indivíduos. O painel de AIMs selecionado permite diferenciar as populações africana, nativo-americana e europeia e já foi parcialmente validado na população brasileira. Os marcadores foram divididos em duas multiplex e genotipados por análise de tamanho do fragmento e fluorescência pelo software GeneMapper® (Applied Biosystem®), utilizando a técnica de eletroforese capilar no aparelho 3500XL. Neste experimento foram feitas três reações de polimerazação em cadeia (PCR) com oligonucleotídeos iniciadores marcados com fluoróforos dos fabricantes Applied Biosystem® e GenOne Biotechnologies, com uma concentração padrão de 0,5 µM. Os oligonucleotídeos iniciadores dos dois fabricantes amplificaram fragmentos esperados. Porém, o aparelho de eletroforese capilar possui calibração adequada apenas para os fluoróforos dos oligonucleotídeos iniciadores da fabricante Applied Biosystem®, impossibilitando a genotipagem precisa dos fragmentos obtidos a partir dos oligonucleotídeos iniciadores da fabricante GenOne Biotechnologies. Assim, novos oligonucleotídeos iniciadores serão adquiridos da Applied Biosystem®. Quanto à concentração desses, foi constatado 2 dos pares de oligonucleotídeos iniciadores encontram-se em excesso e 7 encontram-se em concentração muito baixa, evidenciando a necessidade de um ajuste de suas concentrações. As perspectivas futuras desse estudo envolvem novos testes de otimização de protocolo e posterior análise de aproximadamente 1500 indivíduos de vários estratos da população brasileira.