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Título
GENÉTICA DE DOENÇAS COMPLEXAS E ANCESTRALIDADE DE AMOSTRAS DA POPULAÇÃO BRASILEIRA

Aluno: Ana Carolina de Almeida Pinto Schwarzer - PIBIC/CNPq - Curso de Ciências Biológicas (M) - Orientador: Maria Luiza Petzl-Erler - Departamento de Genética - Área de conhecimento: 20205007 - Palavras-chave: genética; ancestralidade; brasileira.

Marcadores Informativos de Ancestralidade (AIMs, do inglês Ancestry Informative Markers) possuem frequências significativamente discrepantes entre populações de diferentes ancestralidades ou origens geográficas e por isso são muito utilizados para inferir a ancestralidade de indivíduos e de populações miscigenadas, como a brasileira. Em estudos de associação caso-controle envolvendo tais populações, os efeitos da estratificação populacional podem levar a conclusões errôneas. Desta forma, o uso de AIMs capazes de distinguir os 3 principais grupos ancestrais que originaram a população brasileira (nativos americanos, europeus e indígenas) possibilita ajustes das amostras populacionais entre pacientes e controles, evitando, assim, associações espúrias. Os objetivos iniciais deste estudo foram testar a qualidade do kit QIAGEN® Multiplex PCR Master Mix, o qual ficou inadequadamente exposto a temperatura ambiente por 2 dias, e escolher o protocolo de PCR (reação de polimerização em cadeia) que será aplicado. Ao longo do projeto, será utilizado um painel com 48 AIMs do tipo INDEL (inserção-deleção), marcados com 4 fluoróforos (6-FAM, NED, PET e VIC) na região 5' do oligonucleotídeo iniciador. Foram feitos 8 testes visando escolher o protocolo de PCR que será utilizado, comparando-se o sucesso da amplificação de uma mistura de reação preparada pelos pesquisadores do LGMH (mix LGMH) com o kit QIAGEN® com e sem adição de Q-Solution. Após cada teste, os produtos foram submetidos à eletroforese em gel de agarose 3% para análise dos resultados. Para reduzir o número de reações multiplex do protocolo original, que é de 3, foi utilizado o software FragmentProfiler® para reorganizar os 48 AIMs em 2 multiplex, sendo necessária a troca de fluoróforos de 4 marcadores. Os novos oligonucleotídeos marcados foram comprados da empresa GenOne Biotechnologies, enquanto os anteriores eram provenientes da Life Technologies®. Os resultados dos testes mostraram que o kit QIAGEN® Multiplex PCR Master Mix não foi danificado, gerando bandas específicas visualizadas após a eletroforese no gel. O programa de termociclador que se mostrou mais eficiente e será utilizado consiste em: 15 minutos a 95 °C; 30segundos a 94 °C, 90 segundos a 60 °C e 90 segundos a 72 °C por 35 ciclos; e 30 minutos a 60 °C para a extensão final. Mesmo com o funcionamento do mix LGMH, optou-se pela utilização do kit QIAGEN® sem adição de Q-Solution, pois a amplificação foi melhor, gerando bandas mais nítidas. As concentrações dos oligonucleotídeos ainda estão sendo ajustadas para a finalização das otimizações.